“1940年9月17日，大本营撤销第21军战斗序列，成立华南方面军及第22军，并将其编入中国派遣军战斗序列。随后，华南方面军奉命脱离中国派遣军战斗序列，调归大本营直属。”

经过上述调整，至9月底，侵华日军在华驻军达到了27个师团、21个独立混成旅团、战车集团、1个飞行集团。其战斗序列如下：

中国派遣军总司令官烟俊六大将、总参谋长板垣征四郎大将。司令部依然设南京。下辖华北方面军、第11、13军、第3飞行集团。

华北方面军司令官冈村宁次大将，参谋长笠原幸雄中将。下辖第1、12军和第26、10、110师团、独立混成第7、8、15旅团，电信第5联队、华北气象部、第2野战铁道部、中国驻屯宪兵队。

第1军司令官筱冢义男中将、参谋长田中隆吉少将。司令部设在河南新乡，下辖第36、37、41师团、独立混成第5、9、16旅团、战车第8旅团、野战重炮第8旅团、山炮第5旅团、高炮第2联队！

第12军司令官饭田贞固中将、参谋长本乡义夫少将，司令部设济南。下辖第21、35、独立混成第6、10旅团、战车第9旅团、野战重炮第9旅团、山炮第6旅团、高炮第4联队。

第11军，司令官阿南惟几中将，参谋长青木重诚少将，司令部驻汉口。下辖第3、6、13、33、34、39、40师团、独立混成第14、18、20旅团。

第13军司令官酒井隆一中将，参谋长樱井省三少将，司令部设上海。下辖第15、17、22、116师团。独立混成第11、12、13、17旅团。

第3飞行集团集团长木下敏中将，司令部设北平，下辖第1、第3飞行团。

除了军事上的调整，日本政府还对政府内阁成员进行了调整，由于对外政策的不断失误，导致日本与周边国家的关系日益紧张，因此近卫首相于9月20日同陆海两相进行协商，认为有必要对内阁成员进行大规模的调整，尤其是主管外交的外相松冈，于是决定总辞职。

第二天夜，第二届近卫内阁实行总辞职。

随即天皇再次命令近卫公组阁，于是9月22日成立了第三届近卫内阁。新内阁的外相是前任商工大臣海军大将丰田贞次郎，新内阁的大部分成员是前任内阁的阁僚，只有三名除外。

9月25日新政府同大本营举行了首次联席会议，在这次具有首次碰头意义的会上，陆海军统帅部长向政府提出了新的要求。

首先是关于目前帝国所应采取的国策原则，在之前的御前会议伤决定的《适应形势演变的帝国国策纲要》中已经明确规定。根据上述《纲要》制定的各项对内对外政策，需要迅速贯彻。

特别是关于目前正在执行中的对法属印度支那的军事措施，统帅部要按既定方针妥善地加以实施。为此，希望政府的各项施策也要紧密地予以配合。

对于为应付目前紧急事态而开始进行的对南方的战备，决不允许怠慢和拖延。对此当然确信政府能够恪守既定方针，但仍愿借此机会再次要求切实有力地实行之。

其次是关于日美邦交的调整，代表大本营的陆海军统帅部希望始终坚持既定方针，特别希望不违背三国轴心精神，贯彻执行其措施。